การตรวจหาเชื้อ Prevotella baroniae อย่างรวดเร็วในคลองรากฟันที่ติดเชื้อ

Abstract

วัตถุประสงค์: Prevotella baroniae เป็นเชื้อแอนแอโรบส์ซึ่งเพิ่งมีการค้นพบและตั้งชื่อใหม่ การจำแนกเชื้อยังทำได้ยาก และต้องใช้เวลานาน การศึกษานี้มีวัตถุประสงค์ เพื่อออกแบบและทดสอบไพรเมอร์จำเพาะที่สามารถนำไปใช้จำแนกเชื้อ P. baroniae ได้อย่างรวดเร็วด้วยวิธีปฏิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอเรส และศึกษาอุบัติการณ์ของการพบเชื้อดังกล่าวในฟันที่ติดเชื้อของประชากรไทย วิธีการ: ทำการออกแบบและสังเคราะห์ไพรเมอร์ แล้วทดสอบความจำเพาะและความไวของไพรเมอร์นี้ในการตรวจพบเชื้อ P. baroniae ด้วยวิธีปฏิกิริยาลูกโซ่โพลี-เมอเรส จากนั้นนำสิ่งส่งตรวจจากผู้ป่วยที่มีคลองรากฟันติดเชื้อ 56 รายมาสกัดแยกดีเอ็นเอ แล้วใช้เป็นแม่พิมพ์เพื่อตรวจหาเชื้อ P. baroniae ในแต่ละสิ่งส่งตรวจด้วยวิธีปฏิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอเรสโดยใช้ไพรเมอร์จำเพาะดังกล่าวคำนวณอุบัติการณ์ของการพบเชื้อ P. baroniae ในสิ่งส่งตรวจ และวิเคราะห์ผลด้วย Chi-Square test ผลการทดลอง: ไพรเมอร์ที่ออกแบบนั้นมีความจำเพาะต่อเชื้อ P. baroniae อย่างมาก โดยตรวจพบการสร้างสายดีเอ็นเอใหม่ที่มีขนาด 838 คู่เบสจากปฏิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอเรสเมื่อใช้ดีเอ็นเอของเชื้อ P. baroniae เป็นดีเอ็นเอแม่พิมพ์เท่านั้น โดยปริมาณดีเอ็นเอของเชื้อ P. baroniae ที่น้อยที่สุดที่ตรวจพบได้โดยปฏิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอเรสในสภาวะที่ใช้ในการทดลองนี้คือ 0.75 พิโคกรัม เมื่อศึกษาจากสิ่งส่งตรวจพบเชื้อ P. baroniae ในผู้ป่วยที่มีคลองรากฟันติดเชื้อ 12/56 ราย (21.43%) เป็นผู้ป่วยที่มีอาการทางคลินิกแบบเฉียบพลัน 6/24 ราย (25.00%) และไม่มีอาการทางคลินิก 6/32 ราย (18.75%) ซึ่งอุบัติการณ์นี้ไม่แตกต่างกันอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ สรุป: ผลการศึกษานี้แสดงให้เห็นว่าการใช้วิธีปฏิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอเรสโดยใช้ไพรเมอร์จำเพาะที่ออกแบบใหม่นี้มีประสิทธิภาพดีในการตรวจหาเชื้อ P. baroniae จากสิ่งส่งตรวจ ซึ่งจากการศึกษานี้ตรวจพบเชื้อ P. baroniae ได้ในคลองรากฟันที่ติดเชื้อ โดยมีอุบัติการณ์ไม่แตกต่างกันในผู้ป่วยที่มีอาการทางคลินิกแบบเฉียบพลันหรือเรื้อรัง

Objectives: Prevotella baroniae is an anaerobic bacterium that has recently been discovered and named. Identification of this new species is still difficult and time-consuming. The aims of this study were to generate and test a pair of specific primers for rapid detection of P. baroniae by polymerase chain reaction (PCR) and to investigate the incidence of this new candidate endodontic pathogen in endodontic infections in Thai population. Methods: A pair of P. baroniae-specific primers was developed. The specificity and sensitivity of the primers were tested in PCR. Genomic DNA was isolated from samples collected from 56 patients who had endodontic infections and then the DNA was used as template in PCR. The presence of P. baroniae in the samples was investigated using the species-specific primers. The incidence of P. baroniae was then calculated and analyzed with Chi-Square test. Results: P. baroniae-specific primers detected the target with no cross-reactivity. The specific fragment of approximately 848-bp was amplified only when the DNA of P. baroniae was used as template in the PCR reactions. Sensitivity testing showed that the estimated detection limit for the primers was 0.75 picogram of P. baroniae DNA. Overall, P. baroniae was detected in 12/56 (21.43%) of the samples. It was found in 6/24 (25.00%) of patients with acute symptoms and 6/32 (18.75%) of those with no symptoms. However, there was no significant difference between their occurrence and clinical symptoms. Conclusions: Our results show that the PCR assay is effective for detecting P. baroniae from clinical specimens. Our findings confirm that this species is associated with endodontic infections. However, no significant association of this species with clinical symptoms was found.