อำนาจจำแนกและการศึกษาเปรียบเทียบความหลากหลายทางพันธุกรรมของเชื้อ Salmonella โดยวิธี PFGE และ rep-PCR

Abstract

การศึกษานี้มีวัตถุประสงค์เพื่อเปรียบเทียบอำนาจการจำแนกและความแตกต่างของลายพิมพ์ดีเอ็นเอของเชื้อ SalmonellaRissen และ SalmonellaTyphimurium โดยวิธีทางอณูชีววิทยา 2 วิธีได้แก่ Pulsed-field Gel Electrophoresis (PFGE) และ Repetitive Element sequence-based PCR (rep-PCR) ซึ่งเชื้อที่นำมาใช้ในการศึกษาครั้งนี้เป็นเชื้อ Salmonella ที่เพาะแยกจากฟาร์มสุกรในพื้นที่จังหวัดเชียงใหม่ ลำพูนได้ แก่เชื้อ SalmonellaRissen จำนวน 16 สายพันธุ์ และ SalmonellaTyphimurium จำนวน 14 สายพันธุ์ โดยยืนยันซีโรไทป์ของเชื้อแบคทีเรียโดยศูนย์ซัลโมเนลลาและชิเจลลา กรมวิทยาศาสตร์การแพทย์ กระทรวงสาธารณสุข ทำการจำแนกรูปแบบทางพันธุกรรมของเชื้อ ด้วยวิธี PFGE และ rep-PCR และรูปแบบลายพิมพ์ DNA ของเชื้อที่ได้จะเข้าสู่ขั้นตอนการเปรียบเทียบลักษณะความเหมือนและความแตกต่างและการสร้างแผนภูมิต้นไม้ โดยใช้ซอฟท์แวร์โปรแกรม Bionumerics version3.5 พบว่าวิธี PFGE มีอําานาจในการจําาแนก (Discriminatory power) เท่ากับ 0.43, 0.47, 0.85 และ 0.9 ที่ดัชนีความเหมือน (Similarity index) 80%, 85%, 90% และ 95% ตามลำดับ และวิธี rep-PCR มีอำนาจในการจำแนกเท่ากับ 0.55, 0.69, 0.88 และ 0.95 ที่ดัชนีความเหมือน (Similarity index) 80%, 85%, 90% และ 95% ตามลำดับ เชียงใหม่สัตวแพทยสาร 2557;12(1): 19-29

AbstractThis study wasaimed tocomparea discriminatory powerand to differentiateSalmonella Rissen and Salmonella Typhimurium DNA fingerprint by 2 molecular genotyping methods: Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE) and Repetitive Element Sequence-based PCR (rep-PCR). Salmonellaisolates from pig farms in Chiang Mai and Lampoon province, including 14 Salmonella Rissen and 16 Salmonella Typhimurium isolates samples were included in the study. Salmonella serotypes were previously confirmed by National Salmonellae and Shigellae Center, Department of Medical Sciences, Ministry of Public Health, Thailand. All samples were then characterized genotypically by PFGE and rep-PCR. Salmonella DNA fingerprint was analyzed, and dendrogram was generated by Bionumerics software program version 3.5. The results of discriminatory power from PFGE were 0.43, 0.47, 0.85 and 0.9 at similarity index 80%, 85%, 90% and 95% respectively and discriminatory power from rep-PCR were0.55,0.69,0.88and 0.95at similarity index80%,85%,90% and 95% respectively.